En 1990, la Conferencia Mundial de ILGA celebrada en Estocolmo aprobó una resolución sobre la protección de les niñes en la que se afirmaba categóricamente que «Tode niñe tiene derecho a ser protegido contra la explotación y el abuso sexuales, incluyendo la prostitución y la participación en la pornografía». Esta redacción se ajusta directamente al artículo 34 de la Convención de las Naciones Unidas sobre los Derechos del Niño.

En 1994, la ILGA expulsó a NAMBLA y a otros dos grupos pedófilos en su Conferencia Mundial celebrada en Nueva York.

Estos grupos se habían afiliado a la ILGA en una etapa anterior de su desarrollo, en un momento en que la organización aún no contaba con procedimientos administrativos para examinar minuciosamente los estatutos y las políticas de los grupos que solicitaban su afiliación. Sin embargo, en ningún momento ILGA apoyó ni respaldó sus posturas, y expulsó a estos grupos precisamente porque sus objetivos eran incompatibles con los de ILGA.

En la Conferencia Mundial de ILGA celebrada en Río de Janeiro en 1995, se modificó la Constitución de ILGA para expresar el compromiso de la organización con las normas internacionales de derechos humanos, incluidas las que figuran en los tratados fundamentales de derechos humanos (entre ellos, la Convención sobre los Derechos del Niño):

«C. Metas y objetivos:
(ii) Promover el respeto y la observancia universales de los derechos humanos y las libertades fundamentales, incluida la eliminación de todas las formas de discriminación, así como la aplicación de las disposiciones específicas de los siguientes instrumentos internacionales de derechos humanos: el Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos; el Pacto Internacional de Derechos Económicos, Sociales y Culturales; la Convención Internacional sobre la Eliminación de todas las Formas de Discriminación Racial; la Convención sobre la Eliminación de todas las Formas de Discriminación contra la Mujer; la Convención sobre los Derechos del Niño; la Convención sobre los Derechos de las Personas con Discapacidad; y la Declaración de las Naciones Unidas sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas».

Tal como se reconoce en su Constitución, ILGA respalda plenamente todas las disposiciones de la Convención sobre los Derechos del Niño, la cual contiene numerosas protecciones para les niñes, incluidas el derecho a ser protegidos «contra todas las formas de explotación y abuso sexuales» y la necesidad de prevenir «la incitación o coacción de un niño para que participe en cualquier actividad sexual ilícita».

En 1996, ILGA introdujo un proceso de selección de cuatro pasos para garantizar que, en el futuro, no se admitiera como miembro a ningún grupo de pedófilos:

1. Los estatutos de ILGA exigen que las organizaciones que soliciten la membresía proporcionen detalles sobre su organización, incluidos sus objetivos, y que confirmen por escrito que respaldan los objetivos y metas de ILGA. Todas las organizaciones miembros actuales ya han confirmado explícitamente su cumplimiento con todos los objetivos y metas de ILGA, y las solicitudes de nuevos miembros ni siquiera se considerarán sin dicha confirmación por escrito;

2. La solicitud del grupo no será aceptada a menos que cuente con el respaldo de dos representantes regionales del Consejo Ejecutivo procedentes de la misma región que el solicitante;

3. Posteriormente, el Consejo Ejecutivo de ILGA en pleno revisa la solicitud para garantizar que los objetivos de la organización sean compatibles con los de ILGA, incluida la oposición de ILGA a la pedofilia y al abuso sexual de menores;

4. Por último, cualquier recomendación de la Junta Directiva está sujeta a votación de todos los miembros en la siguiente Conferencia Mundial.

Además, si en cualquier momento recibimos información de que un grupo miembro está violando los estatutos de la ILGA al defender o promover la pedofilia, entonces, de conformidad con los estatutos, el Consejo Ejecutivo de ILGA suspendería inmediatamente la membresía de dicho grupo en espera de una investigación y revisión exhaustivas. Cualquier grupo que se compruebe que está violando los estatutos de esta manera se enfrentaría a la expulsión de la membresía.

En 1997, se promulgó una nueva constitución en la Conferencia Mundial de ILGA celebrada en Colonia, Alemania, que mantuvo ese compromiso y añadió un preámbulo sobre la protección de les jóvenes (ambos elementos se han conservado en las revisiones posteriores).

1. Preámbulo:
   «Preocupada por la vulnerabilidad de les jóvenes en un mundo que sigue practicando tantas formas de discriminación, por la necesidad de protegerlos contra el abuso y por el objetivo de garantizar que los jóvenes disfruten tanto de libertad como de apoyo mientras desarrollan su propia sexualidad e identidad;»

Estas disposiciones demuestran que ILGA respalda firmemente las convenciones y pactos de derechos humanos de la ONU y se preocupa especialmente por la protección de los jóvenes, tal como lo establece la Convención sobre los Derechos del Niño.

El 23 de enero de 2006, la solicitud de ILGA para obtener el estatus ante el ECOSOC fue rechazada por el Comité de ONG, tal como había ocurrido en dos ocasiones anteriores. No se ofrecieron motivos para este rechazo, salvo una supuesta vinculación entre ILGA y la pedofilia.

No se ha dado ninguna razón para denegar a ILGA el estatus ante el ECOSOC, salvo una acusación infundada de hace más de una década. Ninguna ONG podría haber hecho más de lo que ha hecho ILGA para denunciar el abuso infantil, respaldar las disposiciones internacionales pertinentes y supervisar que sus miembros cumplan con estos compromisos.

Finalmente, ILGA recuperó el estatus consultivo ante el Consejo del ECOSOC en julio de 2011, mediante una votación directa en el Consejo, rompiendo así el estancamiento en el Comité de ONG.