En 1990, la Conférence mondiale ILGA à Stockholm a adopté une résolution sur la protection des enfants qui affirmait catégoriquement que « Tout enfant a le droit d’être protégé contre l’exploitation et les abus sexuels, y compris la prostitution et la participation à la pornographie ». Cette formulation s’inscrit dans le droit fil de l’article 34 de la Convention des Nations Unies relative aux droits de l’enfant.

En 1994, ILGA a expulsé la NAMBLA et deux autres groupes pédophiles lors de sa Conférence mondiale à New York.

Ces groupes avaient adhéré à ILGA à un stade précoce de son développement, à une époque où ILGA ne disposait pas encore de procédures administratives permettant d’examiner minutieusement les statuts et les politiques des groupes souhaitant devenir membres. À aucun moment, toutefois, ILGA n’a soutenu ni approuvé leurs positions, et c’est précisément parce que leurs objectifs étaient incompatibles avec ceux d’ILGA qu’elle a expulsé ces groupes.

Lors de la Conférence mondiale de ILGA qui s’est tenue à Rio de Janeiro en 1995, les statuts de ILGA ont été modifiés afin d’exprimer l’engagement de l’organisation envers les normes internationales en matière de droits humains, notamment celles énoncées dans les principaux traités relatifs aux droits humains (y compris la Convention relative aux droits de l’enfant) :

« C. Buts et objectifs :
(ii) Promouvoir le respect universel et l’application des droits humains et des libertés fondamentales, y compris l’élimination de toutes les formes de discrimination, ainsi que la mise en œuvre des dispositions spécifiques des instruments internationaux relatifs aux droits humains suivants : le Pacte international relatif aux droits civils et politiques ; le Pacte international relatif aux droits économiques, sociaux et culturels ; la Convention internationale sur l’élimination de toutes les formes de discrimination raciale ; la Convention sur l’élimination de toutes les formes de discrimination à l’égard des femmes ; la Convention relative aux droits de l’enfant ; la Convention relative aux droits des personnes handicapées ; la Déclaration des Nations Unies sur les droits des peuples autochtones. »

Comme le reconnaît sa Constitution, ILGA soutient pleinement toutes les dispositions de la Convention relative aux droits de l’enfant, qui contient de nombreuses mesures de protection en faveur des enfants, notamment le droit d’être protégé « contre toutes les formes d’exploitation sexuelle et d’abus sexuels » et la nécessité de prévenir « l’incitation ou la contrainte d’un enfant à se livrer à toute activité sexuelle illégale ».

En 1996, ILGA a mis en place un processus de sélection en quatre étapes afin de garantir qu’à l’avenir, aucun groupe pédophile ne puisse être admis parmi ses membres :

1. Les statuts d’ILGA exigent que les organisations souhaitant adhérer fournissent des informations détaillées sur leur structure, y compris leurs objectifs, et confirment par écrit qu’elles soutiennent les buts et objectifs d’ILGA. Toutes les organisations membres existantes ont déjà explicitement confirmé leur adhésion à l’ensemble des buts et objectifs d’ILGA, et les demandes d’adhésion de nouveaux membres ne seront même pas examinées sans une telle confirmation écrite ;

2. La candidature d’un groupe ne sera acceptée que si elle est approuvée par deux représentants régionaux du Conseil d’administration issus de la même région que le candidat ;

3. L’ensemble du Conseil d’administration de ILGA examine ensuite la candidature afin de s’assurer que les objectifs de l’organisation sont compatibles avec ceux de ILGA, notamment l’opposition de ILGA à la pédophilie et aux abus sexuels sur mineurs ;

4. Enfin, toute recommandation du Conseil d’administration est soumise au vote de l’ensemble des membres lors de la Conférence mondiale suivante.

De plus, si nous recevons à tout moment des informations indiquant qu’un groupe membre enfreint les statuts d’ILGA en défendant ou en promouvant la pédophilie, alors, conformément aux statuts, le Conseil d’administration d’ILGA suspendra immédiatement l’adhésion de ce groupe dans l’attente d’une enquête et d’un examen approfondis. Tout groupe reconnu coupable d’une telle violation des statuts s’exposerait à l’exclusion de l’association.

En 1997, une nouvelle constitution a été adoptée lors de la Conférence mondiale ILGA à Cologne, en Allemagne, qui a maintenu cet engagement et y a ajouté un préambule sur la protection des jeunes (ces deux éléments ayant été conservés lors des révisions ultérieures).

1. Préambule :
   « Préoccupée par la vulnérabilité des jeunes dans un monde où persistent tant de formes de discrimination, par la nécessité de les protéger contre les abus et par l’objectif de veiller à ce que les jeunes bénéficient à la fois de liberté et de soutien à mesure qu’ils développent leur sexualité et leur identité ; »

Ces dispositions montrent que ILGA soutient fermement les conventions et pactes des Nations Unies relatifs aux droits humains et se préoccupe tout particulièrement de la protection des jeunes, conformément à la Convention relative aux droits de l’enfant.

Le 23 janvier 2006, la demande d’ILGA visant à obtenir le statut consultatif auprès de l’ECOSOC a été rejetée par le Comité des ONG, comme cela avait déjà été le cas à deux reprises auparavant. Aucun motif n’a été avancé pour justifier ce rejet, si ce n’est un lien contesté entre ILGA et la pédophilie.

Aucune raison n’a été donnée pour refuser à ILGA le statut consultatif auprès de l’ECOSOC, si ce n’est une allégation infondée remontant à plus d’une décennie. Aucune ONG n’a fait davantage que ILGA pour dénoncer la maltraitance des enfants, soutenir les dispositions internationales pertinentes et veiller à ce que ses membres respectent ces engagements.

Enfin, ILGA a recouvré son statut consultatif auprès du Conseil de l’ECOSOC en juillet 2011, à la suite d’un vote direct au sein du Conseil, mettant ainsi fin à l’impasse au sein du Comité des ONG.